Mukayeseli eğitim, İbn Haldun Üniversitesinin benzersiz ve özgün bir özelliğini teşkil etmektedir. Mukayeseli eğitim metodu, başta ait olduğumuz medeniyet dairesinin birikimi olmak üzere, dünya medeniyetlerinin ilmî, kültürel, sanatsal birikiminin kendi kaynaklarından hareketle tanınıp eleştirel yaklaşım süzgecinden geçirilerek farkındalık geliştirilmesine katkı sağlayacaktır. Böylece fikrî üretimin en önemli şartlarından biri yerine getirilmiş olacaktır.
Ülkemizde son iki asırdır “ilerleme”, “modernleşme” adı altında takdim edilen süreç, esasında bu ülkenin insanlarını dünyada mevcut hâkim paradigmalara fikren bağımlı hale getirme sürecidir. Bu süreç daha çok, kendisi bilim üretmeyip ithal fikirlerin ve metotların aktarıldığı mevcut üniversite sistemi eliyle yürütülmüştür.
İbn Haldun Üniversitesi, sadece ithal teorileri ve fikirleri öğrencilerine aktaran bir üniversite değil, kendisi de bilim üreten, kendisi de düşünce üreten bir üniversite; öğrencilerini sadece ithal görüşleri benimseyecek tarzda değil, onları eleştirebilecek ve kendisi de düşünce üretebilecek tarzda yetiştiren bir üniversite olma hedefiyle kurulmuştur. Sadece Batı kaynaklı sosyal kavram ve teorileri öğretmeyen, diğer medeniyetlerin yaklaşımlarını ve birikimlerini de eşit düzeyde saygınlıkla (müzelik fikirler olarak değil) öğreten bir eğitim anlayışı, Üniversitemizin öğrencilerini fikrî bağımsızlık idealine göre yetiştirecek yeni bir sosyal bilim eğitiminin temel değerleri arasındadır.
İbn Haldun Üniversitesi; hem Freud’un hem de Gazali’nin, hem Marx’ın hem Adam Smith’in hem de İbn Haldun’un, hem modern düşünürlerin hem de geleneksel birikimin tanıtılıp mukayese imkanının sağlandığı, birçok farklı pencereden dünyaya bakılarak özgün düşüncelerin yeşerip serpildiği bir ilim ortamı hüviyetine sahiptir.